Je ne suis pas le mega pro, mais au moins je peux répondre à ces questions.
1 : silence ou greenmont principalement, auprès des vendeurs. A greenmont chaque clase a droit à son quartier ou tu trouveras tout ce qui faut pour ta classe, dont les crafts.
On trouve aussi des crafts spéciaux dans les coffres, principalement au désert et à la faille.
2 : les runes servent à plusieurs choses :
Ressusciter à l'endroit de ta mort (ca te coûte une rune) et acheter du matériel spécial à greenmont ou sur les vendeurs rouges qu'on trouve un peu partout.
3 : à tout niveau, par contre pour booster des objets tu utilise les runes pour acheter des essences mais il te faut déjà avoir l'objet à booster ou le crafter et le Craft. En général l'essence nécessaire est précisée dans le craft d'objet.